本实验室的建设与运行管理确立“优势学科联合、优秀人才集中、统一管理、分级负责、责任到人，全面开放”的运行机制，坚持联合、协作、共享、互补、共同发展的原则，坚持技术创新和产学研合作的大方向。
实验室将设置实验室学术委员会以及项目管理、技术服务、信息管理等管理职能小组，建立分级管理责任制与完善的科研项目档案管理体系。实行仪器设备和课题开放政策和制度，为企业或相关机构提供资源、技术和方法服务。实验室仪器设备和专用技术可实行有偿对外服务。实验室的项目研究经费和技术服务经费严格按照国家、福州大学财务管理规定进行管理，结合实验室的财务程序进行实施（如下图）。
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